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【基因編輯產品新品上市】MET Ex14 skipping新添成員

原載自:www.huanhen.cn[技術資料頻道]  2023-02-15  瀏覽次數:963

Background


 

MET受體酪氨酸激酶是一種原癌基因,它的異常激活與腫瘤發生有關。各種潛在的機制,包括轉錄本中的改變、擴增、基因重排和外顯子跳躍,都是MET信號異常的原因。MET導致非小細胞肺癌(NSCLC)的關鍵改變之一是MET外顯子14( MET Ex 14)跳躍,這是一種驅動突變,約占肺腺癌的3-4%。MET Ex14跳躍導致功能活躍且穩定的截短受體的形成,該受體缺乏負責MET泛素化的近膜調節域。至今為止全球已經開發了幾種針對MET受體的MET激酶抑制劑,其中許多正在進行臨床試驗。




 

MET的結構

MET基因位于人類基因組的7q31號染色體上,跨越約125kbDNA,包含21個外顯子和20個內含子。MET被編碼為前體,通過其a和b亞基之間的蛋白水解切割被修飾成成熟蛋白質。 成熟的MET蛋白由一個小的a亞基(50kDa)和一個較大的b  (145kDa)亞基組成,通過二硫鍵連接在一起。一個a亞基和b亞基的一部分共同構成異二聚體蛋白的胞外區,而b亞基的其余部分構成跨膜區和胞內區。

 

MET的細胞外成分包含三個結構域。N端Sema(Sema-phorin)是最大的結構域,包含500個殘基,包含a和b亞基的一部分。該結構域對于MET的配體結合、二聚化和激活至關重要。Sema結構域之后是叢蛋白-信號蛋白-整合素(PSI)結構域,包含四個二硫鍵,這對于配體結合受體的正確定位至關重要。PSI結構域通過免疫球蛋白-叢蛋白-轉錄因子結構域連接到MET的跨膜螺旋。受體的細胞內部分包括近膜(JM)結構域、酪氨酸激酶(TK)催化結構域和C末端多功能停靠位點。其配體肝細胞生長因子(HGF)(也稱為分散因子)的結合對于激活激酶活性至關重要。HGF是迄今為止已知的MET受體配體,并以高親和力與受體結合。

 

圖片1.png

Fig1.MET蛋白的結構

 

MET Ex14跳躍的機理

HGF與MET結合導致受體二聚化,導致激酶結構域中細胞內殘基Y1234和Y1235自磷酸化,隨后在激酶結構域外的C端磷酸化另外兩個酪氨酸殘基Y1349和Y1356。C末端殘基的磷酸化導致對接位點的形成,隨后銜接子和效應蛋白,如GRB2(生長因子受體結合蛋白2)、GAB1(GRB2相關結合蛋白1)和SHC(含Src同源2結構域),與停靠位點結合,觸發下游信號傳導。

 

2005年報道了NSCLC中MET Ex14的跳躍 。內含子13的3' 剪接位點或內含子14的5 '末端剪接位點的替換或缺失導致MET Ex14跳躍。在MET Ex14的剪接點處或剪接點附近發生的這種體細胞改變導致轉錄物中外顯子14的丟失和MET蛋白的合成以及JM結構域中47個氨基酸的框內缺失(包括殘基Y1003)消融CBL介導的受體泛素化和降解。因此,MET Ex14跳躍導致MET蛋白水平升高,這可以驅動促進腫瘤發展的下游信號通路的激活。

 

圖片2.png

Fig 2. MET Ex14跳躍的機理

 

MET Ex14跳躍的突變

根據文獻報告,在非小細胞肺癌中常見的導致MET Ex14跳躍的突變有如下幾種:

圖片3.png

Fig 3. 常見導致MET Ex14跳躍的突變

 

同時在眾多的其他癌種中也發現很多,大約 3–4% 的 NSCLC 具有MET Ex14改變。在組織學亞型中,  MET Ex14跳躍改變常見于肉瘤樣癌 (4.9–31%),69–72腺鱗癌 (4–8%)、腺癌 (3–4%) 和鱗狀細胞癌 (2%)。此外,在腺癌中,主要的亞型是腺泡型 (35-52.9%) 或實性亞型 (35.3-53%)。臨床上,  METEx14跳躍異常多見于高齡患者。

 

MET Ex14跳躍的檢測

一般而言,基于DNA和RNA的分子檢測是檢測METex14改變的方法。基于DNA的測序分析可以檢測MET改變,例如剪接位點的插入、缺失、點突變或重復,這些改變可能導致外顯子14跳躍。然而,METEx14跳躍與剪接位點中超過120個報告的序列變異有關,這使得僅使用基于DNA的檢測來檢測這些突變具有挑戰性。因此,對RNA轉錄本的分析可以驗證外顯子13和15之間的融合。在理想情況下,基于DNA和RNA的檢測可相互補充,以可靠地檢測METEx14改變。

 

圖片4.png


Fig 4. 常見針對DNA和RNA檢測技術來識別MET Ex14跳躍的方法

 

MET Ex14跳躍的標準品

科佰生物利用基因編輯的方法,成功獲得多種MET Ex14跳躍的標準品,表現為在DNA層面出現剪切變異,在RNA層面出現14外顯子的缺失,部分產品羅列如下:

 

表1.png

表1. 部分MET Ex14跳躍突變的產品

 

檢測數據如下(以c.3028+1_c.3028+9del為例

 

AI-Edigene® MET Splice Site Mutation(c.3028+1_c.3028+9del)Reference Standard

 

圖片5.png

Fig 5. DNA的sanger測序顯示c.3028+1_c.3028+9del

 

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Fig 6. RNA的sanger測序發生14外顯子的缺失

 

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Fig 7. DNA的ddPCR檢測,顯示突變頻率為*

 

圖片8.png

Fig 8. RNA的ddPCR檢測,顯示拷貝數為1315.07 copies/ng

 

如上數據可知,不僅僅在DNA層面發生了剪切變異,在RNA層面也發生了變異,而且根據ddPCR的拷貝數數據顯示,MET表達也大大增加了。


科佰生物在使用基因編輯技術定制定點突變、插入、缺失、融合上有豐富的經驗,歡迎大家一起溝通討論。

 

 

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